|
|
Cirkulující biomarkery u kolorektálního karcinomu a jejich využití v diagnostice a stanovení prognózy
Červená, Klára ; Vymetálková, Veronika (vedoucí práce) ; Boublíková, Ludmila (oponent) ; Václavíková, Radka (oponent)
Souhrn I přes veškerý pokrok na poli klinické i molekulární onkologie, čísla související s incidencí a mortalitou kolorektálního karcinomu (KRK) zůstávají stále na nepříliš přijatelné úrovni. V posledních letech se do popředí dostává tekutá biopsie, cirkulující biomarkery, která oproti klasické biopsii, přináší spoustu výhod, poskytuje včasné informace o heterogenitě nádoru a možnost opakovaného odběru materiálu. Cílem této disertační práce bylo identifikovat nové kandidátní cirkulující biomarkery z řad mikroRNA, dlouhých nekódujících RNA a volné DNA, které by mohly sloužit k časnější diagnostice, lepší prognóze či k predikci léčebné odpovědi KRK pacientů a tím k dalšímu posunu personalizované medicíny. Hlavními výsledky této práce jsou: 1) Cirkulující mikroRNA v plazmě (miR-122-5p a miR-142-5p) mohou od sebe rozlišit pacienty s rektálním karcinomem a jedince bez nádorového onemocnění, zároveň by mohly být prediktivními ukazateli odpovědi pacientů (jak s primárním, tak i metastatickým KRK) na léčbu. 2) Genová amplifikace dlouhé nekódující RNA MALAT1 by mohla být důležitým krokem přechodu zdravé tkáně v adenomovou. MALAT1 v plazmě je nadměrně exprimovaný u pacientů s KRK a kolorektálními adenomy oproti jedincům bez nádorového onemocnění a pro KRK pacienty má potenciál prediktivního biomarkeru. 3) Volná DNA...
|
|
|
Role mikroRNA v regulaci jaterních enzymů metabolizujících léčiva
Sedlmajer, Štěpán ; Smutný, Tomáš (vedoucí práce) ; Matoušková, Petra (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Student/ka: Štěpán Sedlmajer Školitel: PharmDr. Tomáš Smutný, Ph.D. Název diplomové práce: Role mikroRNA v regulaci jaterních enzymů metabolizujících léčiva Játra jsou hlavním biotransformačním orgánem v těle. Cytochromy P450 a konjugační enzymy jsou nezastupitelné enzymy v metabolismu léčiv a dalších xenobiotik. V poslední době narůstá poznání o post-transkripční regulaci těchto enzymů pomocí molekul mikroRNA. MikroRNA jako epigenetické regulátory exprese se většinou vážou na zcela nebo částečně komplementární sekvence v 3'UTR (3' untranslated, nepřekládaných) regionech mRNA molekul. MikroRNA mají podíl na interindividuální variabilitě v expresi a aktivitě metabolizujících enzymů. Objasnění jejich role a mechanismů působení může přispět k vývoji nových léčiv a personalizaci farmakoterapie. Práce shrnuje dosavadní vybrané poznatky o regulaci převážně jaterních cytochromů P450 a konjugačních enzymů prostřednictvím mikroRNA. Popsán je také vliv RNA editací, jednonukleotiových polymorfismů a pseudogenů.
|
|
|
Potenciál cirkulujících mikroRNA u pacientů s kolorektálním karcinomem ve vztahu k predikci odpovědi na léčbu
Landecká, Aneta ; Vymetálková, Veronika (vedoucí práce) ; Hlaváč, Viktor (oponent)
Kolorektální karcinom (KRK) patří mezi nejčastější nádorová onemocnění jak ve světě, tak i v České republice. Predispozice pro vznik KRK zahrnují faktory genetické i epigenetické změny, dáe také faktory zevního prostředí a mikroprostředí. Tyto nádory často velmi dobře reagují na léčbu, především v raných stádiích, nicméně u části pacientů dochází k brzkému návratu onemocnění. Vzhledem k tomu, že incidence KRK v posledních letech stále neklesá, jedná se o aktuální problém vyžadující nový přístup, jehož cílem je zlepšení diagnostiky, přežívání i kvality života pacientů s KRK. Z tohoto důvodu se stále více do popředí zájmu dostává takzvaná tekutá biopsie, která představuje minimálně invazivní přístup k pacientovi a umožňuje sledovat změny v organismu v reálném čase. Jedny z biomarkerů, které mohou být detekovány pomocí tekuté biopsie, jsou malé nekódující molekuly RNA - mikroRNA (miRNA). V této diplomové práci byla analyzována genová exprese dvou miRNA, konkrétně miR-122-5p a miR-142-5p v plazmě a tkáních pacientů s KRK a v plazmě kontrolní skupiny zdravých dárců krve. V rámci naší studie jsme identifikovali významné změny v expresních hladinách obou miRNA u pacientů s KRK v porovnání se zdravými jedinci bez nádorového onemocnění. Konkrétně byly pozorovány vyšší expresní hladiny obou miRNA u KRK...
|
|
|
Biologický význam změn cévní stěny a aterosklerotického plátu pro rozvoj aterosklerotického postižení věnčitých tepen
Horváth, Martin ; Hájek, Petr (vedoucí práce) ; Poledne, Rudolf (oponent) ; Kovárník, Tomáš (oponent)
Akutní komplikace aterosklerózy jsou typicky způsobené tepenným uzávěrem na podkladě akutní trombózy formující se v místě ruptury tzv. vulnerabilního aterosklerotického plátu (VP). Včasná identifikace VP by mohla napomoci těmto příhodám předcházet. Současné metody pro zhodnocení kardiovaskulárního rizika jsou zaměřeny na opatření na populační úrovni a pro zhodnocení rizika individuálního jedince nejsou dostatečně citlivé a specifické. Disertační práce se proto zabývala možnostmi in vivo detekce VP pomocí biomarkerů a zobrazovacích metod. V první části práce jsme se soustředili na detekci mikroRNA (miR), které jsou v posledních letech zkoumány jako slibné biomarkery celé řady onemocnění včetně aterosklerózy. Hladiny miR jsme určovali pomocí kvantitativní polymerázové řetězové reakce ve vzorcích periferní žilní krve pacientů ve velmi časné fázi infarktu myokardu s elevací ST segmentů (STEMI), kteří sloužili jako nejbližší klinický model akutní ruptury VP. Výsledky vedly k identifikaci dvou miR (miR-331 a miR-151-3p), které byly deregulovány u STEMI a mohly by být biomarkery VP. V další části výzkumu jsme se zabývali možnostmi invazivního zobrazení VP pomocí intravaskulárního ultrazvuku a blízké infračervené spektroskopie (IVUS a NIRS). Potvrdili jsme možnost bezpečné detekce NIRS dat v karotických...
|
|
|
Malé extracelulární váčky jako nosiče mikroRNA a jejich role v regeneraci nervových buněk
Šprincl, Vojtěch ; Romanyuk, Natalyia (vedoucí práce) ; Kriška, Ján (oponent)
Akutní poranění míchy je závažný typ úrazu, jehož léčba stále představuje výzvu pro současnou medicínu. Transplantace neurálních kmenových buněk (NSC) je jednou z mnoha nadějných cest, jak přispět k regeneraci poškozené tkáně. NSC komunikují se zbytkem tkáně pomocí malých extracelulárních váčků (sEVs), u kterých se tak předpokládá jejich regenerační potenciál. Cílem této diplomové práce je ověřit antiapoptotický účinek sEVs izolovaných z kultivačního média od dvou typů NSC na potkaním in vitro modelu poranění míchy. Pro splnění tohoto cíle byly nejprve otestovány různé způsoby izolací sEVs z kultivačního média. Následně byly sEVs charakterizovány podle jejich velikostí a přítomností povrchových markerů. Součástí práce byla PCR analýza obsahu neuroprotektivních a antiapoptotických miRNA uvnitř sEVs a fluorescenční barvení sEVs, kterým bylo dokázáno, že sEVs pronikají do cytoplazmy kmenových buněk. Nakonec byly sEVs aplikovány na potkaní in vitro model poranění míchy a pomocí metody imunoblotace byl prokázán jejich neuroprotektivní účinek. Klíčová slova Malé extracelulární váčky, exosomy, akutní poranění míchy, regenerace nervové tkáně, miRNA, mikroRNA, neurální kmenové buňky
|
|
|
Úloha mikroRNA při poranění a regeneraci míšní tkáně
Šprincl, Vojtěch ; Romanyuk, Natalyia (vedoucí práce) ; Mrózková, Petra (oponent)
MikroRNA jsou malé nekódující molekuly RNA o délce zhruba 20-24 nukleotidů, které post-transkripčně regulují genovou expresi. Interferují s mRNA přes párování bází v komplementárních sekvencích. V posledních letech se ukazuje jejich významná role při poranění a regeneraci nervové tkáně. Cílem této bakalářské práce je popsat možnou úlohu miRNA při poranění centrální nervové soustavy se zaměřením na poranění míchy.
|
|
|
Vztah kardiovaskulárních mikroRNA k těhotenským komplikacím
Dalecká, Linda ; Hromadníková, Ilona (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Během těhotenství se může objevit řada komplikací, které mohou mít vliv na vývoj plodu a posléze mohou dokonce ohrožovat jeho život a případně i život matky. Mezi takové komplikace patří například preeklampsie. Jedná se o hypertenzní poruchu, která se objevuje během těhotenství. Dalším příkladem je intrauterinní růstová retardace. Jedná se o stav, kdy plod není schopen dosáhnout geneticky daného růstového potenciálu. Oba patologické jevy jsou doprovázeny změnami v genové expresi mikroRNA v placentě, například miR-16, miR-21, miR-210. Právě poznatky o změnách v genové expresi mikroRNA by mohly představovat unikátní nástroj na poli neinvazivní diagnostiky těchto onemocnění, což by bylo přínosem i vzhledem k faktu, že obě diagnózy jsou zodpovědné za zvyšování mateřské a perinatální morbidity a mortality. Tato práce se zaměřuje právě na mikroRNA, jejich expresi ve výše zmíněných patologických stavech a výhody, které může přinášet v jejich diagnostice. V práci jsou popsány tato dvě onemocnění, je zde charakterizována mikroRNA a její biogeneze. MikroRNA jsou pro nás zajímavé jako potencionální biomarkery pro neinvazivní prenatální diagnostiku právě proto, že se mohou vyskytovat v tělních tekutinách, jako je plazma, mateřské mléko nebo plodová voda, a nepodléhají okamžité degradaci. Klíčová slova:...
|
|
|
Role mikroRNA u lymfomů s důrazem na roli miR-155
Hušková, Hana ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Svoboda, Petr (oponent)
MikroRNA (miRNA) jsou nekódující RNA, dlouhé 19-25 nukleotidů, které ovlivňují genovou expresi inhibicí translace nebo degradací cílové mRNA. Účastní se regulace důležitých buněčných procesů jako je proliferace, apoptosa a diferenciace. K deregulaci miRNA dochází u onemocnění krvetvorby. Velká pozornost je věnována zejména funkci miRNA v karcinogenezi. Tato práce poskytuje úvod k roli miRNA v normální krvetvorbě a shrnuje poznatky získané o roli miRNA u nádorů bílých krvinek, lymfomů. Důraz je kladen zejména na roli miRNA miR-155. Klíčová slova mikroRNA, krvetvorba, lymfomy, miR-155
|
|
|
Regulace transkripce mikroRNA klastru miR-17-92 v průběhu diferenciace makrofágů.
Rybářová, Jana ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Pospíšek, Martin (oponent)
miR-17-92 klastr (Oncomir1) kóduje sedm mikroRNA (miRNA, miR) regulujících řadu biologických procesů jako je proliferace, diferenciace nebo apoptóza. Zvýšená exprese mikroRNA kódovaných tímto klastrem byla zjištěna u řady nádorových onemocnění včetně akutní a chronické myeloidní leukémie (Dixon-McIver et al., 2008; Li et al., 2008; Venturini et al., 2007). Myeloidní progenitory významně exprimují miR-17-92 klastr, zatímco makrofágová diferenciace je doprovázena výrazným snížením jeho exprese. V naší laboratoři bylo prokázáno, že miR-17-92 klastr je během diferenciace primárních PUER myeloidních progenitorů indukovaných transkripčním faktorem PU.1 (SPI1) reprimován transkripčním faktorem Early growth response 2 (Egr2). Cílem této diplomové práce bylo vytvořit sérii reportérových vektorů nesoucích fragmenty miR-17-92 putativního promotoru, které by umožnily studium regulace transkripce miR-17-92 klastru. Výsledně se podařilo připravit 8 fragmentů obsahujících různé úseky regulační oblasti miR-17-92 klastru v rozsahu -3.3 až 0 kb vzhledem ke kódující oblasti miR-17-5p, a to i přes vysoký CG obsah (~80%), které byly následně vklonovány do pGL3 reporterového vektoru. Transfekce a následná funkční esej pGL3 reporterového vektoru nesoucího -3.3;-0kb fragment putativního promotoru miR-17-92 v buňkách...
|
|
|
Diagnostický a prognostický význam miR-122 a miR-142 u kolorektálního karcinomu
Kalkušová, Kateřina ; Červená, Klára (vedoucí práce) ; Král, Jan (oponent)
Kolorektální karcinom neboli rakovina tlustého střeva a konečníku patří mezi nejčetnější nádorová onemocnění a je jednou z nejčastějších příčin úmrtí spojených s nádory. Často je diagnostikován až v pokročilém stádiu, které je spojeno s horší prognózou. Z tohoto důvodu se usiluje o nalezení nových biomarkerů, které by umožnily časnější diagnostiku nádoru. Tyto biomarkery by mohly pomoci také s předpovědí prognózy onemocnění a odpovědi pacientů na vybranou léčbu. Jako slibní kandidáti se jeví krátké nekódující RNA, tzv. mikroRNA, které se podílejí na mnoha buněčných procesech prostřednictvím procesu RNA interference. Cílem této práce je shrnutí poznatků o možnosti využití miR-122 a miR-142 jako diagnostických a prognostických biomarkerů kolorektálního karcinomu. Klíčová slova:mikroRNA, biomarkery, kolorektální karcinom, diagnostika, prognóza
|
host ::
RSS.